كانت قلقيلية في عهد المماليك قرية من أعمال جلجوليا، وفي العهد العثماني أصبحت ناحية من نواحي قضاء طولكرم وعرفت باسم ناحية الحرم نسبة إلى حرم سيدنا علي، ورزحت قلقيلية كغيرها من المدن الفلسطينية تحت الحكم العثماني حتى وقوع فلسطين تحت الانتداب البريطاني في أعقاب الحرب العالمية الأولى، وقد شارك سكانها إخوانهم في المدن الفلسطينية الأخرى. في مقاومة الاحتلال الإنجليزي والعصابات الصهيونية، وفي أعقاب حرب عام 1948 وتطبيق اتفاقية رودس للهدنة عام 1949 فقدت قلقيلية مساحة كبيرة من أراضيها الزراعية الخصبة التي تقع غرب خط الهدنة. وفي حزيران عام 1953 وقع اشتباك مسلح على الحدود صرح موشي دايان قائلاً: سأحرث قلقيلية حرثاً، وذلك بعد أن رأى بسالة أهلها. وفي مساء يوم 10/10/1956 شنت القوات الإسرائيلية عدواناً كبيراً على قلقيلية اشتركت فيه الطائرات والدبابات وراح ضحيته أكثر من 70 شهيدا.
المدينة بين العامين (1961 - 1980): كان على قلقيلية أن تواجه واقعها المؤلم الجديد و انكماش أراضيها الزراعية و زيادة عدد سكانها منذ أوائل الخمسينات, إذ بلغ عدد سكانها الأصليين حسب تعداد 1961 نحو 9,000 نسمة و السكان الاجئين إليها نحو 3,000نسمة. فاضطر سكانها إلى التشمير عن سواعد الجد و بدؤوا يستصلحون الأرض الجبلية و يعدونها للزراعة و حفروا الكثير من الآبار للتعويض عن الآبار المفقودة.
أخذ عدد السكان يتزايد تدريجيا نتيجة الهجرة إليها منالقرى المجاورة و اتسعت الرقعة العمرانية و تحسن نوع مبانيها فأصبحت مساكنها العصرية من الحجر الأبيض و الإسمنت. وبلغ مجموع الأبنية فيها عام 1961 نحو 2,121 بناء. و في عام 1971 ضمت قلقيلية 8 مدارس و معهدا شرعيا و مسجدين و مركزا طبيا عدا المحلات التجارية الحديثة و المقاهي والأفران. و تتوافر فيها المرافق العامة الأخرى كشبكة المياه التي تصل إلى معظم بيوتها و الكهرباء والمسلخ الحديث. و تشرف بلدية قلقيلية عل إدراة شؤون البلدة التي أصبحت منذ عام 1965 مركزا قضائيا يحمل اسمها